由于牡丹大多数品种可从根颈处抽生枝条，树冠上部一年生枝也可抽生1~3根花枝，长势旺盛的品种如不加以调节，及时除去不必要的枝芽，枝叶会过于繁茂而徒耗养料。整形修剪的目的就是要使牡丹树体保持匀称的株型，调节花枝花芽数量，使树冠圆满，通风透光，花芽充实，花分良好。牡丹植株开花与否，开花多少，均可通过整形修剪技术加以调节。

1.选留主枝：分株后新栽的牡丹第一年任其生长，第二年当土芽伸长到5~10厘米时开始选定主枝，依品种情况每株选留5~8枝作为主枝。第一次留不够时，下一年再留。主枝确定后，去掉多余的枝条（或土芽）。牡丹干性差，较少培养成独干。若培养成独干，需从主干上部再选留主枝。以后每年对枝条进行整理，对过密的 交叉重迭的枝条适当疏剪，过高的进行短截，使枝条分布均匀。
2.土芽的利用：根颈处土芽萌生的枝条由于容易获得养分，常常生长较旺。在幼龄植株选定主枝后，一般应该除去。在植株衰老需要进行更新复壮时可以代替老枝，当树冠不均称时，可在空缺部位选留这些枝条加以弥补。不需选留的土芽，可考虑留作繁殖材料，可用作嫁接和扦插。
3.花芽及花蕾的选留：壮龄植株应注意花芽及花蕾的选留。树冠上部花枝最好没枝仅留一个花芽，不饱满的花芽应除去。入冬前剪去上部干枯部分枝条。牡丹植株留花的数量最好在当年开花后确定。当花后枝条下部腋芽开始形成时，可选留其中靠上部的一个芽或两个芽（也有认为留靠近基部的两个芽），而将其余的除去。到秋季修剪时再酌情选留一芽或两芽全留。第二年春天花蕾出现后还应检查，如发现花蕾过密，应适当疏除。通过控制花芽 花蕾数量，可防止大小年现象。
4.松土除草：牡丹园地每次浇水后均应及时松土保墒，并使土壤通气良好。夏季应该结合松土除去杂草。
5.病虫害防治：临洮及甘肃大部分地区海拔较高，气候阴凉干燥，加之紫斑牡丹抗性较强，牡丹植株病虫害较少。但也曾发现有类似化叶病的植株，不能正常开花。牡丹主要病害有：叶斑病 褐斑病 锈病 炭疽病 菌核病 紫纹羽病等。
牡丹虫害有：吹棉介壳虫 红蜘蛛 根瘤线虫等。

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